Lo de Ordenar va a gustos, una forma por ejemplo, es con departamentos. En muchas tiendas de minerales o fosiles, venden cajas de madera con tapa de cristal, las cuales poseen departamentos, de diferentes tamaños, eso te podria valer.
Sino, haz como yo, una caja de plastico ( las del Ferrero Roche son perfectas ya que la tapa es de plastico transparente) les hacen unos departados, ( yo por ejemplo los realizo con los boligrafos que se terminan, rotuladores, o trocitos de madera) los forras junto con la base, y realizas departamentos como te parezca.
son algunas ideas...